Chráněné území s rozlohou 1890,85 hektarů v nadmořské výšce 540–1002 metrů bylo vyhlášeno k ochraně vzácných a ohrožených druhů živočichů, jako je perlorodka říční, velevrub tupý, mihule potoční, vranka obecná, vydra říční, jeřábek lesní, chřástal polní nebo datlík tříprstý. Území přírodní památky Horní Malše bylo zařazeno mezi evropsky významné lokality v rámci soustavy chráněných území Natura 2000.