Předmětem ochrany je reliktní komplex společenstev na rozsáhlém vápencovém podloží, křovinné, lesní a semixerotermní travinobylinné formace s řadou teplomilných vzácných a chráněných druhů rostlin a živočichů. Rezervace Vyšenské kopce se nalézá v dešťovém stínu Šumavy a v závětří hory Kletě, jsou zde tudíž v porovnání s okolím poměrně vysoké teploty a menší množství srážek. Vhodné podmínky zde tak nachází řada zajímavých druhů rostlin a živočichů. Můžeme zde najít například motýly modráska vikvicového (Polyommatus coridon) či modráska hnědoskvrnného (Polyommatus daphnis).